根据《中共宁德市委办公室关于印发<宁德市档案馆职能配置、内设机构和人员编制规定>的通知》（宁委办发[2019]32号），市档案馆设以下5个内设机构，规格均为正科级：
（一）办公室。负责综合协调单位日常工作；承担文电、机要、保密、文秘、信息、档案、财务、督查、信访、统计、资产管理、安全保卫、后勤保障等工作；配合做好全市档案事业发展规划编制、档案规范与标准研究制定等具体工作；协调法律顾问工作。
（二）征收鉴定科。配合做好立档单位档案规范化以及全市重点档案保护、开发项目的组织、评估、申报等事务性工作；承担市级机关、团体、企事业单位和市级重大活动、重要事件、重点建设项目等进馆各种载体档案资料的接收和相关资料的收集工作；承担著名人物、历史档案以及史志、家族谱、契约等档案文献遗产征集工作；承担档案资料整理编目和档案价值鉴定与重要档案等级划分、馆藏特藏档案筛选工作。
（三）保管利用科。承接档案资料入库工作和全宗卷的完善与管理工作；承担档案馆指南规范的制定与审核工作；承担档案库房管理和馆藏各种载体档案资料保护、检查、检测工作；承担档案抢救与修复工作；承担馆藏档案解密、划控和开放认定工作；承担各种载体档案的利用、咨询和馆际、区域间的共享利用服务；承担档案资料利用统计分析；承担政府公开信息查阅工作。
（四）编研开发科。配合做好档案文献遗产的抢救保护、研究开发、宣传推广与组织申报等事务性工作；承担馆藏档案史料研究、考订、开发和市档案馆史志、专题档案资料、档案书籍编纂出版工作；承接档案编研合作和学术研究工作；承担档案展览、文化产品开发和宣传工作；承担档案学术和档案文化对外合作交流工作。
（五）信息技术科。配合做好档案信息化、推进数字档案共享等事务性工作；承担档案馆网站、微信公众号、网络、数据库、应用系统和数据中心机房建设、维护和管理工作；承担馆藏档案数字化工作及数字档案保存、管理、交互、共享工作；承担馆藏档案异地异质备份和灾备工作；承担档案科研工作。